いつもみなさん、ありがとうございます。
大石寺9世の日有は「日興上人の時、八幡の社壇を重須に建立あり内には本尊を懸けらる、是レは本門寺の朽木書と云云、今の義にあらず、天下一同の法花経信仰の時は当宗の鎮守は八幡にて在す（まします）べし云云」（『有師化儀抄』富士宗学要集1-74）と述べていますが、将来の広宣流布の時に至って「当宗の鎮守」が「八幡大菩薩」になることを明確に述べています。
探してみると、大石寺48世日量『続家中抄』の「日永伝」の項目にその記述がありました。
「日永伝（中略） 元禄五壬申年四十三歳夏六月七日、啓師の付属を承ケて当山に入院し正的第廿四世なり、師幹事に克く本堂及ヒ諸伽藍を修理し更に天王垂迹堂を再建す、同く十年丁丑春新に輪蔵を建て宋本の一切経全部を納む」
（日量『続家中抄』富士宗学要集5-274〜275ページ）
この記述によりますと、大石寺日永は元禄5年（1692年）6月7日に23世日啓から付属を受け、24世法主として登座します。上記の『続家中抄』の記述では天王垂迹堂を日永が再建した後、元禄10年（1697年）に経蔵を創建して一切経を収めたとありますから、日永が「天王垂迹堂」を再建したのは元禄5年〜10年の間、すなわち1692年〜1697年の間のことと考えられます。
26世日寛が師匠筋に当たる24世日永の再建した堂宇を廃堂に処するとは考えられませんから、1697年以降、少なくとも日寛の時代とその前後まで大石寺に「天王垂迹堂」はきちんと存在していたことになろうかと思います。
参考のために
「天照大神は東条の郷に住まう」
「神社建立・本尊奉納は大石寺の本来の教義」
「三大秘法と三種の神器」
